Der Präses der Kaufmannschaft ist ständiger Gast der Vollversammlung der IHK, der Präses der IHK ist Mitglied im Vorstand der Kaufmannschaft. Auch die Auflösung der institutionellen Verbindung zwischen Kaufmannschaft und Handelskammer im Zuge des Große-Hamburg-Gesetzes 1937 konnte die enge Verbundenheit der Kaufmannschaft mit der IHK nicht lösen.
Gemeinsam setzen sich beide Institutionen für die Stärkung des Wirtschaftsstandortes Lübeck ein.
Die Kaufmannschaft zu Lübeck engagiert sich seit 2010 im FBBC, um durch die Schaffung der festen Fehmarnbelt-Querung die Infrastruktur der Region Lübeck zu stärken, das Wirtschaftswachstum anzukurbeln und neue Arbeitsplätze zu schaffen. Um wettbewerbsfähig zu bleiben in Zeiten der Globalisierung und im Sinne der Europäischen Union, ist es umso wichtiger über natürliche und politische Grenzen hinweg zu kooperieren. Die Kaufmannschaft ist dabei sowohl im höchsten Gremium, dem Council, vertreten, wie auch auf der Arbeitsebene, der Taskforce.
Die Initiative Pro Metropolregion Hamburg e.V. hat als Ziel die wirtschaftliche, technologische und soziale Entwicklung der Metropolregion Hamburg voranzutreiben. Die Kaufmannschaft engagiert sich in dem Verein seit 2014.
Seit 2007 ist die Kaufmannschaft an der Lübeck-Travemünde Marketing GmbH beteiligt. Hauptziel ist es, die öffentliche Hand und die Privatwirtschaft zu bündeln, um die Marke Lübeck zu etablieren und den Wirtschaftsstandort zu stärken. Der Präses der Kaufmannschaft ist Mitglied im Aufsichtsrat, der Geschäftsführer vertritt die Kaufmannschaft in der Gesellschafterversammlung.
Die Kaufmannschaft ist als Gründungsmitglied seit 1994 in dem Verein zur Förderung der Stadtentwicklung engagiert. Er vertritt die Interessen und Anliegen seiner Mitglieder, die sich sowohl aus Unternehmen als auch aus Privatpersonen zusammen setzen. Seit 2020 ist der Verein im Haus der Kaufmannschaft ansässig.
Seit 2005 ist die Kaufmannschaft als einzige nicht kommunale Institution am Theater Lübeck beteiligt. Ziel ist, die Kultur als wichtigen Wirtschaftsfaktor der Hansestadt zu fördern.
